ついに勢ぞろいするタートルズ！だが４人とスプリンターの元には、恐るべき敵が迫っていた…！自らの前世を知ったタートルズの、真の兄弟としての冒険がいま始まる！一方、彼らを捕らえようとするバクスター・ストックマン博士が、恐るべき作戦を実行し、さらに業を煮やしたクランゲ将軍が、ニューヨークに姿を現す！