謎に包まれたクランゲ将軍の秘密がいよいよ明らかに。一方でフット軍団のシュレッダーも、一度は敗北を喫したタートルズに対して策略をめぐらす。さらに、街では新手の凶暴なミュータントが暴れだした！次なる闘いに向けて、タートルズの４人はピンチを切り抜けられるのか！？