スプリンターが捕まった！エイプリルとの再会もそこそこに、救出に向かうタートルズの４人とケイシー。その一方で、さらなる陰謀をめぐらせるバクスター・ストックマン博士とその黒幕クランゲ将軍。そして、捕らえられたスプリンターの前には、前世からの宿敵であるフット軍団の首領シュレッダーが、ついに姿を現わす…！