高度な知性を持ったピンクの脳みその不気味な独裁者ークランゲ将軍の野望に引き寄せられ、タートルズが最強の敵と対決する！異次元から地球を狙う“歩く要塞”、クランゲ将軍。タートルズは、彼の侵攻によって滅亡の危機に陥っている「惑星ニュートリノ」にワープしてしまった。惑星ニュートリノを守るため、４人はついにクランゲ将軍との直接対決に挑むことに！最強の敵に打ち勝ち、地球に帰還することができるのか…？