太平洋戦争末期、戦艦・日向の負傷兵の救護に向かった看護婦・逸井妙子は空襲の巻き添えで死亡。 　次に彼女が気付いた先に居たのは三笠・アルミランテラトーレという戦艦の化身を名乗る二人の女性と妖精・小人というサイズの違う小さな男性が共存する異世界であった。 　三笠の口から寝物語に幽霊船という敵の存在を聞かされた妙子は、この世界では日向と名乗り、戦艦・日向を模した船に乗り込むことを決意する。 　船に乗り込んで処女航海に出た日向の前に現れたのは、船体を真っ黒に染めた二隻の幽霊船。 　日向が幽霊船を撃退した後に現れたのは、帆船・コンスティチューションの化身であるロリ巨乳ババアと、ミサイル艦の化身であるコベントリー。 　コンスティチューションとコベントリーは、自分らも船に乗り込むことを承諾する。 　二人の船が進水した後に行われた演習でアルミランテ相手に負けたことを不満に思ったコベントリーは、単独で幽霊船との会敵を求めて出撃するが、返り討ちに遭い、闇の中に引きこまれてしまう。 　その後に現れたのは、三隻の幽霊船。 　三笠・アルミランテ・日向は激闘の末に幽霊船の撃退に成功、コベントリーは生還を果たす。 　新たに加わった仲間のフェイヤンとともに幽霊船の出撃に備えつつ、日常生活を送る一同。 　船の修理が終わったのを見計らったかのように、新たなる脅威は目の前に現れた。