高杉晋作の死により、新たな局面へ舵を切った日本。 薩摩・長州・土佐らの討幕派の動きが加速。 対する幕府も軍事力増強を図り、全面戦争への緊張が高まっていた。 そんな中、八番組隊長藤堂平助が新撰組脱退を宣言。 幾多の窮地を斬り抜けてきた同志の謀反に揺れる新撰組だが、 裏で糸を操る黒幕は、参謀伊東甲子太郎だった。