激化していく薩長軍との戦いの中、新撰組、見廻組、別撰組が集結し、 新たに幕府軍最強部隊を結成。 しかし、岩倉具視の策謀により戦争の形勢は一転、窮地に陥る。 絶体絶命の中、仲間の命を守るため、敵軍の前に一人の漢が立ちはだかる。 漢の名は井上源三郎。 新撰組六番隊組長 井上源三郎 最期の戦いが始まる。