ニンジャスレイヤーとダークドメインのイクサ、その趨勢はダークドメインに傾きつつあった。ニンジャスレイヤー目掛け振り下ろされるカイシャクのアンタイ大剣。ニンジャスレイヤーも最早ここまで! と誰もが思った時、スリケンが大剣を押し戻した。そこから始まるニンジャスレイヤーの猛反撃。聖なるヌンチャクの無慈悲な連続打擲の前に、ついにダークドメインは爆発四散するのであった。大イクサを終え、その場を離れるニンジャスレイヤー。だが彼の胸中を占めるのは数々の謎と仲間である二人、シルバーキーとタカギ・ガンドーの安否だった。そして舞台はキョートに移る。琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは? 何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか??ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか???