ネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョームストリートで繰り広げられるイクサ!ニンジャスレイヤー、シルバーキー、ヤモト、ネザークイーンの四忍がプロセッサーを追い詰める。その時、レッドゴリラとアロンダイトが現れた!その隙に逃げ出すプロセッサーをヤモトが追いかける。一方その場に残ったニンジャスレイヤーとネザークイーンは、レッドゴリラとアロンダイトとの決戦に臨む。その激しいイクサを傍観者めいて見ているニュービーニンジャ、シルバーキーだったが……。果たして勝利の天秤はどちらに傾くのか!?そして新章開幕!冷酷非情なニンジャ、ダークドメイン、その恐るべきムシアナ・ジツにニンジャスレイヤーよ、如何に戦う!?