舞台はキョートからネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョーム・ストリートに!儚き美少女ニンジャ、ヤモトコキ参戦!!デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する!そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに!そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。その正体は、ゲイバーを営むオネエ、ザクロ!このゲイバーにアンニュイな雰囲気を纏う美少女の姿があった。名を、ヤモトコキ、彼女もまたニンジャである。ニチョームを覆う陰謀を解決すべく動きだしたヤモトとネザークイーン。そこへニンジャスレイヤーとシルバーキーが深く関わっていく……。果たしてネオカブキチョに平穏は訪れるのか? そしてキョートからネオカブキチョに現れたニンジャスレイヤーの目的とは!?