西暦2074年。地球上のあらゆるものを喰らい尽す巨大生物「アラガミ」の出現により、世界の人口は100分の1にまで減少していた。唯一アラガミに対抗しうる特殊兵器「神機」を携えた戦闘員「ゴッドイーター」だけが人々の希望であった。ゴッドイーターのアリサとソーマは任務中に遭難し、たどり着いた独立拠点「ネモス・ディアナ」で、そこに住む人々の苦しい生活を目の当たりにした。そんななか、アリサたちは、今までとは全く異なる性質を持つアラガミと戦うことになる。