アリサは、遭難してたどり着いた独立拠点「ネモス・ディアナ」で、そこに住む人々の苦しい生活を目の当たりにする。　不治の病を引き起こす「赤い雨」、「特異種」と呼ばれる、今までとは全く異なる性質を持つアラガミの出現。　自身の無力際に打ちひしがれるアリサだったが、一人の少女との出会いが、彼女に再び戦う勇気をふるい起こさせる——。