近未来の高層都市〈トキワシティ〉。十七歳の特務官・翔は、事故で両親を亡くし、サイボーグ犬・ペガサスと暮らしている。ある日、幼年学校に出現した機械獣との戦闘で、ペガサスの両眼から放たれる青い光が獣を撃退するのを目撃する。老犬に秘められた謎と、両親の死の真相が、翔の運命を動かし始めた。 翔は相棒のペガサス、旧友の特務官・栗林、女性隊員のアンとトキエたちとともに、滅亡した隣都市〈フタバシティ〉で行方不明の少女を救出する任務に挑む。荒廃した街に巣食う機械獣たちとの戦いの中で、翔はペガサスが“何か”を封じる力を持つことを知る。 やがて翔は、両親がかつて関わった「フタバ計画」と呼ばれる研究が、機械と人の意識を融合させる実験だったことを知る。その成果から生まれた異次元存在――“王（おう）”が暴走し、人々を支配し始めたのだ。両親はその暴走を止めようとして命を落とし、ペガサスに「対王の鍵」となる記憶を託していた。 やがて“王”がトキワシティを襲撃。翔と栗林はペガサスとともに、街の中央ドームで最終決戦に挑む。だが“王”の正体は、翔の父・高志が機械と融合して変わり果てた姿だった。父は最後の意識を取り戻し、翔に「終わらせてくれ」と告げる。 ペガサスが覚醒し、青い光の翼で“王”を包み込む。閃光とともに機械獣は消滅し、父も安らかな表情で消え去った。 夜明けの空の下、翔は静かに眠るペガサスを見送り、新たな特務官として再び空へ飛び立つ。風の中に、両親と相棒の声が微かに響いていた――。