桜ヶ丘という街で「時間異常」が発生している。雨粒が空へ戻り、昨日のパンが賞味期限切れになるなど、日常が歪み始めた。主人公の「僕」は雨の日に見知らぬメモ『明日の雨は昨日降る』を発見する。クラスメイトの真白に「時間が逆流している」と告げられ、奇妙な喫茶店『時の間』へ雨宿りに向かう。 　喫茶店では時間が錯綜していた。壁の時計はそれぞれ異なる時刻を示し、マスターは「明日挽く豆」でコーヒーを提供する。真白は「私たちは明日ここで初めて出会う」と予告し、混乱する僕を連れて屋上へ向かう。そこから見えたのは、**過去・現在・未来が重なり合った桜ヶ丘の街と、空に浮かぶ「時間の心臓」**という巨大な時計装置だった。 　真白は驚くべき真実を明かす。この装置は「未来の私たちが永遠に一緒にいるために作った」が、完成時に時間が混乱。結果的に彼らは「何度も出会っては記憶を失う」運命に囚われていた。愛が時空を歪めたパラドックスだった。神社で手を触れた瞬間、僕たちは桜の木の下での初めての出会い（入学式の記憶）を思い出す。 　エピローグでは時間異常は完全には治っていない。翌朝、教室で再会した僕と真白は互いを初対面のように装うが、瞳の奥に認識の光を宿す。雨が降ると「知ってる喫茶店」へ向かい、昨日の記憶を断片的に話し合う。雨粒が時折空へ戻る中、彼らはこう宣言する。「記憶を失っても、時間が乱れても、永遠に出会い続けよう」と。愛が生んだ時空の歪みの中で、彼らは繰り返し恋に落ち続けることを選ぶのだった。