高級住宅街の高台にある私立高校、「清水田学園」
全寮制であるこの高校には、少し前から幽霊が出るという噂がある。
そして今年度新学期の初日、その幽霊「時計塔の千夜」に一人の生徒が殺された。
皆が呪いに怯える中、最上光彰は全くそれを信じていなかった。
しかし、被害者が増えるにつれてその噂が変化し始めたことで、彼はその噂に向き合うことになる。
「三年一組の最上の怒りを買うと、時計塔の千夜に呪い殺される」
絶対君主の様に崇められていた光彰は、次第に無責任な噂に振り回されるようになる。
ついに停学になり、このまま退学に追い込まれそうになったことで、彼は噂を流した主を突き止める決意をする。

幼馴染の柳野黎と、光彰が持つ「最上家の後嗣だけが持つ、人には言えない不思議な力」
それを武器に、呪いに見せかけた殺人事件に挑む。