これは、御坂美琴が常盤台中学に通い始めた頃の話。学園都市屈指の名門であるこの学校では「常盤台の三大派閥」がしのぎを削っていた。奉仕精神にあふれる最大手の沙派閥、リーダーの「能力」目当てで人気を集める水鏡派閥、そして向上心に満ち美琴のルームメイトも所属しているという支倉派閥。派閥争いには興味を示さない美琴だったが、各派閥リーダーたる三人の先輩との出会い、そしていずれの派閥にも属さないながら一目置かれる自由人・神苑小路瑠璃懸巣との邂逅が、美琴の学園生活を大きく変えていき……!?