「賢者の石」「軍部に暗躍するホムンクルス」。すべての謎がある一点を指し示す…、その名は《イシュヴァール殲滅戦》。軍事国家として急成長を遂げるきっかけとなった最大の内乱は、エドやスカーの出現により新たな解釈とともに再構築される。ロイ、リザ、マルコー、アームストロングとノックス、そしてスカー。固く口を閉ざし語られることのなかった過去が、今明らかになる。