多くの人を犠牲に作られる賢者の石…その罪に苛まれてきたマルコー。ただ嘆き悲しんできた過去を振り切り、償うことを決意する!強大なホムンクルス・エンヴィーに対抗するマルコーの秘策とは!?そして中央では、軍上層部へと入り込んだアームストロング少将に中央軍の邪悪な秘密が語られる…。状況は巡り、物語は大きく動き始める!!