2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。 またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンテ」と名付けた。 圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。 対ブリガンテ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。 彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。 旗本になることを夢見る青年、釜本刀侍はある時ブリガンテの襲撃に巻き込まれる。 そんな刀侍を救ったのは、ドイツの旗本であるゲオルグ・ヴェンツだった。 なおもピンチに陥る中、刀侍にある変化が起きる……！