2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンデ」と名付けた。圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。対ブリガンデ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。旗本になることを夢見る青年、釜本刀侍はある時ブリガンデの襲撃に巻き込まれる。そんな刀侍を救ったのは、ドイツの旗本であるゲオルグ・ヴェンツだった。なおもピンチに陥る中、刀侍にある変化が起きる……！