호시노 테츠로는 소년에서 청년이 되었다. 쭉 함께 여행을 하던 메텔과 헤어진 후 황폐한 지구에서 희망을 버리지 않은 채 인류의 미래를 믿고 싸워가던 테츠로. 하지만 테츠로는 지구로 찾아온 퀸 에메랄다스에게 충격적인 사실을 듣게 된다. 그리고 테츠로는 「은하철도 999」를 타고 세 번째 여행을 떠나게 되는 것이었다….