体も小さく、一人ぼっちで、いじめられてばかりのムゲン。 信じていた人からも裏切られるが、その過程で予想だにしなかった力が覚醒することになる。 人工知能を持つナノマシンとの結合で体が大きくなり、さらには回復、ネットワーキング能力まで手に入れた主人公「ムゲン」が犯罪組織とナノテクノロジーを狙う企業に立ち向かう！