〈시빌 워〉에서 초인등록법안에 찬성하는 아이언 맨과 첨예하게 대립한 캡틴 아메리카 스티브 로저스는 그 후 정부에게 쫓기는 도망자 신세로 전락한다. 또한 그의 주변인물도 경계의 대상이 되는데, 특히 연인이던 요원 13(샤론 카터)은 S.H.I.E.L.D.의 집중 관리 대상으로 올랐다. 닉 퓨리의 뒤를 이어 S.H.I.E.L.D.의 국장이 된 마리아 힐은 샤론을 이용해 스티브의 신병을 확보하려는 작전을 꾸민다. 한편 새로운 빌런인 레드 스컬이 모습을 드러내며 닥터 둠과 손을 잡고 모종의 계획을 세운다. 캡틴 아메리카는 레드 스컬의 흔적을 쫓던 중 하이드라 군단과 마주쳐 격전을 벌인다. 목숨을 아까워하지 않는 히드라 군단의 자살 폭탄 공격에 절체절명의 위기를 맞은 캡틴 아메리카 앞에 요원 13이 나타나 구원의 손길을 내미는데….