어렸을 적 일어난 화재로 인해 가족을 모두 잃은 에미야 시로. 혼자 남은 에미야 시로를 거두어준 에미야 키리츠구를 보며, 자신도 누군가에게 도움이 되는 사람이 된다고 다짐하게 된다. 그러던 어느 날 눈 앞에서 벌어지는 초현실적인 싸움에 휘말리게 되는 에미야 시로는 스스로도 알지 못했던 마법의 힘에 눈뜨게 되는데...