第三次世界大戦から千年後。人類は月を中心に宇宙へ広がり、地球は「不浄の地」とされた。火星では下級士族イムサが独立戦争を率い、地球では黒い人型機を駆る少年ヨシノブが旅を続ける。やがて二人の運命は、意思を持つ人型兵器MDと、太古から残る謎のオーパーツをめぐる人類の秘密へと繋がっていく。