ある日、けんと、そら、かいの三人のもとに、一通の謎めいた予告状が届いた。 そこに記されていたのは、学校の時計塔と、夜空に輝く三つの星。 どうやら、この町には誰も知らない秘密が隠されているらしい。 三人探偵団は謎を追ううち、三人の少年怪盗と出会う。 果たして、怪盗たちの目的は何なのか。そして、時計塔に隠された秘密とは――。