現代日本から弥生時代へ転生した15歳の少年・ハヤト。村長の長男として生きることになった彼は、現代知識を活かして農業や水路、衛生、保存食などを改善し、貧しかった村を豊かにしていく。 やがて村の発展とともに周辺集落との交易や争いにも巻き込まれ、ハヤトは仲間や幼馴染の少女たちと共に、村を守りながら勢力を拡大していく。 現代知識を武器に、少年は弥生時代の歴史そのものを変えていく――。