50年前、無数の怪物が巣食う巨大な塔が突如として地球に出現した。人類は塔へと閉じ込められ、外界との道は断たれる。脱出する唯一の方法は、ハンターとして覚醒し、塔の最上階・第100層へ到達すること。 第1層に生まれた少年・ユウシは、誰よりも努力を重ねながらも覚醒できない「最弱」の存在だった。しかしある日、上層から逃れてきた禁忌の怪物【影】と融合したことで、誰も持ち得ない異質な力を手に入れる。だが、その代償として課されたのは、ハンターの使命と真逆の「怪物と共闘せよ」という隠しクエスト。さらに、【影】の力を狙う大貴族の追跡者たちがユウシを討伐対象として追い始める。 人類の敵か、それとも新たな進化か。相反する使命と追撃の中で、ユウシは塔の真実へと迫っていく——。