西暦2080年代。地球は、突如現れた異形の怪物「竜（ドラゴン）」によって荒廃し、人類は滅亡の危機に瀕していた。人類の対抗手段は、対ドラゴン抵抗組織「ドラゴンハンター協会」だけだった。 極東支部所属となった新人ハンターの主人公は、ドラゴンハンターの拠点「ヤマト極東支部」で様々な仲間と出会い、共に闘っていく内に、巨大な陰謀へと巻き込まれていく。 <<世界観>> 　西暦2080年頃、地球上に既存の生物とは構造が大きく異なる生命体が発見された。 　それは生物、非生物を問わずあらゆるものを「捕喰」あるいは「破壊」することで爆発的に増殖し、多種多様に変化していった。彼らは各地方に伝わる伝説上の姿になぞらえられ、「竜（ドラゴン）」と呼ばれるようになった。 　人類はドラゴンを排除しようと試みたが、通常兵器はことごとく通用せず（ものによっては核爆発でさえも効果はなかった。）、対抗手段のない人類はドラゴンに駆逐されていく一方であった。多い時には一日に100万人近くも駆逐され人口は激減。多くの都市や国が壊滅した。 　ドラゴンの脅威に対抗すべく、世界中で研究が急ピッチで行われた。 　そんな中、極東に1人の男「ケチ」が、研究の末ドラゴンに対抗する力「聖痕」を発見する。この発見をきっかけにドラゴンを殺しうる人類「ドラゴンハンター」を生み出す。人類はドラゴンに駆逐されようとしていた土壇場のタイミングで、彼らへの対抗手段を得ることができたのである。 　ケチは「聖痕」を用いて組織「ドラゴンハンター協会」を立ち上げた。 　西暦2085年、ドラゴンハンター協会・ヤマト極東支部。 　かつて「日本」と呼ばれた国が存在した地域に設立されたこの組織に、主人公（新人ドラゴンハンター）が配属されたところから物語は始まる。