新聞配達のバイトをしてどうにか生計を立てている小林初はある日、自身が所属していた研究室の教授からとあるメールが届いた。そこには「How to use Magic」というタイトルで、魔法と呼ばれる技術体系の確立に関する論文が添付されていた。その論文がきっかけで初は魔法の研究にのめりこむようになった。 そこから二年後、趣味として個人で研究を進めながら隠れてその魔法をバイトに活かしていた初は、突然働いていた新聞配達のバイトをクビになる。その帰り、傷心中の初は特別魔法犯罪捜査課、通称『トクマ』と呼ばれる警察庁直下の秘密組織に誘拐され、その組織の高待遇さに惹かれて所属することになる。そこは魔法によるテロなどを防ぐ組織であり、現在「魔法至上主義党」と呼ばれるテロ組織に日本が脅かされていると教えられる。 かくして単なる新聞配達員だった初は戸惑いながらも秘密組織での活動をすることになった。