近未来の日本。生体統合式霊子コンピューター『阿頼耶識』の実用化によって、人類はかつてない高度情報社会を築いていた。 『阿頼耶識』は、人間に植え込まれた『電脳種子』を介して脳の未使用領域を演算資源へと変換し、毎秒無量大数に迫る計算を可能にした夢の技術。しかし、その恩恵の裏では、『天魔』と呼ばれる異常情報実態が発生し、人々の認識と現実を侵食し始めていた。 唯一の対抗手段である『覚者』。護法善神たる彼らを運用し、『天魔』を封じる政府直属機関――内閣特殊情報対策局『背神機関』。 監査官・久瀬真邏は、ある日、十四歳の少女・阿世知みくにとバディを組むことになる。奔放な彼女に振り回されながらも、真邏は『天魔』との戦いへ身を投じていく。 やがて二人の戦いは、『阿頼耶識』に隠された、日本そのものの在り方を覆す陰謀へと繋がっていくのだった。