浅吹蛍糸（あさぶき・けいと）は、１４歳の誕生日を迎えて、憧れだった“魔法少女”に選ばれた。 魔法少女になって“悪”と闘うことを誓い、最初に向かった先で、ケイトは自分が夢見ていた魔法少女とは、全く違うことに気づかされた。 ケイトが身に着けた魔法は、闇の魔法であり、自分がなったのは“黒い魔法少女”だった。 「あなたは、私たちの敵よ！」　白い魔法少女のアカリが現れて、ケイトに告げる。 「違う！　私は“悪”じゃない」　果たして、どちらが正義なのか？　自分は騙されたのか？ 黒の魔法少女として、どう生きればいいのか、ケイトは葛藤する。 人類滅亡の危機を救うのは、どちらか？　黒い魔法少女と白い魔法少女の闘いが始まる。