日本から異世界「エクリプス」に転生した青年・桐生零は、死ぬたびに時間が巻き戻る「死に戻り」の能力を手に入れた。だがその代償として、彼は死ぬたびに大切な記憶を一つずつ失っていく。 エクリプスでは「等価交換」が絶対の法則であり、何かを得るには必ず同じ価値のものを捧げなければならない。錬金術はこの法則に基づいて発展し、人々は代償を支払うことで文明を築いてきた。だが近年、代償の法則が歪み始め、小さな願いでも巨大な代償が要求されるようになり、世界は徐々に崩壊の道を歩んでいた。 零は自分の右手に秘められた「代償無効化」の能力に気づく。この手は、等価交換の法則を一時的に無効にし、代償なしに奇跡を起こすことができる。だがその力を使うたびに、彼の寿命は削られ、記憶はさらに失われていく。 ある日、零は代償の法則を研究する錬金術師の少女・リリスと出会う。彼女は「完全なる代償交換」を求めて世界を旅していたが、零の能力によって自分の信念が揺らぎ始める。二人はやがて、世界の歪みの背後には二つの巨大な組織が存在することを知る。 時間の循環を利用して永遠の支配を目指す「永劫の輪」と、科学の力で代償の法則を完全に破壊し、人類を進化させようとする「進歩の塔」。両者の戦いの中で、零は記憶を失い続けながら、愛する人々を守り、世界の真実に迫っていく。 彼が最後に選ぶのは、法則に従った生き方か、それとも代償を払ってでも自由を掴む道か。記憶が消える前に、零は必ず答えを出さなければならない。