現代日本の大学生・直井清史郎は異世界へ転生し、王立魔物討伐局へ就職する。騎士団や魔導部隊への配属を期待していた清史郎を待っていたのは、人や家畜、魔物の糞尿を兵器として利用する『特殊衛生兵装課』だった。