百五十年前、深夜の渋谷に巨大な門が出現した。 門から現れた大量の化け物――夜獣によって、周辺都市は壊滅した。その後も十年に一度夜獣は渋谷に現れ、災夜と呼ばれていた。 高校一年生の夏。深更逢真は渋谷を訪れていた。一般人の逢真は、渋谷で「夜守」――夜獣と戦う異能力を持つ者――の力が手に入ると噂を聞いてやってきたのだった。 夜獣に襲われた逢真は、「魔女」を名乗る少女、ヨルハ・シェアハートと出会い――。