何にも興味が持てなかった高校生、中澤幸司。 ある日雨の中、路上で死んでいる野生生物の死骸を拾う女子大生篠原一葉を見かける。 女子大生の正体と目的を確かめたく、行き着いた先は「cafe BENTEN」。 そこは動物の剥製や骨格標本、海の生物や怪しげな植物、珍しい鉱物を扱う雑貨屋でもあった。 そこで知り合った一葉は、幸司に壮大な人類と生物の共存について持論を展開する。 一葉の生き物に対する愛情と見識を存分に活用しながら、身の回りで起こる事件を解決し、それが一葉の父失踪の謎を明らかにしていく。