日本には、特殊な力を持つ人間が存在していた。 そんな異常事態に対処するため、日本には《Aegis》と呼ばれる専門組織が存在する。 その候補生を育成する特殊な学校、国立天城学園。 そこへ入学した少年、神谷零士。 彼が望むのは、ただ一つ。 「普通」でいること。 能力測定の結果はC+。 特別優れているわけでも、落ちこぼれているわけでもない。 誰にも注目されない、どこにでもいる一般生。 しかし、零士には誰にも知られていない秘密があった。 これは、最強でありながら「普通」を選んだ少年が、やがて世界の常識を覆していく物語。