異形の怪物「鬼」の襲撃によって引き起こされた《東京大崩壊》。壊滅した首都の跡地に築かれた閉鎖防壁都市で、理不尽に命を奪われた主人公・黒木暁人。 一命を取り留めた彼は、人間としての戸籍を剥奪され、巨大組織「討鬼科」の「第3種特殊備品として組み込まれてしまう。 親友を奪った謎と、闇に包まれた「第4区画」の真実を暴くため、同じく家族と友人を全員殺され、復讐に燃える少女・式美初華と共に、暁人は血と泥にまみれた最前線へと身を投じる。 絶望の底から這い上がる、泥臭くも熱い反逆の歯車がいま回り出す。