魔法が関わる事件に対応する警察内極秘機関『超自然事件部』通称超事部に、外部捜査官として協力する統世翔。 眞積峰市内の美術館で魔道具の盗難事件が発生し、その犯人の元に駆けつけるが、取り逃がしてしまう。 しかし、それは想定内。逃走車に発信機を取り付け、後は警察に任せておけば解決……のはずだった。 窃盗犯は警察の包囲からなおも逃亡。魔道具も一部は持ち去られてしまった。 超事部が窃盗犯の逃走先を探る中、今度は殺人事件が発生。被害者は無尽蔵の新エネルギーを発見した世紀の科学者ウィルフリード・ライヒ博士であった。 事件に関与していると思しき博士の娘は行方不明。さらに殺人には盗まれた魔道具が使用された疑いもあり、統世は捜査に協力することに。 博士の娘から依頼を受けた『解決屋』新谷正斗や、窃盗犯と接触したらしきクラスメイト成瀬真希らと接触しながら、一連の事件の裏に潜む真の脅威に挑む。