西暦2021年10月1日――。 7月上旬に中学校の屋上から飛び降り自殺した桜島 桃華（さくらじま とうか）は、目が覚めたら純白の部屋に居た。 程なくして、謎の魔女・クラムが桃華のところにやってきてこう告げた。 「君は自殺と言う名の大罪を犯した。その罪を贖ってもらうために――魔法少女になれ」 桃華は困惑して部屋から出て逃げ惑い、もう一度自殺を試みるが寸前でクラムに止められる。 そして、クラムの魔法により桃華はまた強制的に純白の部屋に戻され、クラムに「君と同じ自殺した少女が2人いる。君にはその2人と一緒に魔法少女として罪を贖う為に魔物と闘って欲しい」と言われて渋々従う。 クラムによってリビングらしき広い部屋に案内された桃華は、金髪の関西人少女・青野 泡音（あおの あわね）と、黄色い着物を着た丸メガネの少女・一ノ瀬 萌葱（いちのせ もえぎ）と出会う。 「やっと3人揃ったね。早速、魔物討伐に行こうじゃないか」 クラムの一言で桃華は不満げなまま、泡音・萌葱と共に死線へと送り込まれ……。 これは、『若くして自殺という大罪を犯した女の子達の贖いの物語』である――。