魔導名門貴族の三男・アルスは、測定された適性属性が「生活雑用（クリーン、ともしび等）」のみだったことから「無能」と蔑まれ、S級ダンジョンの最下層『絶望の奈落』へと生贄として追放される。 だが、そこは時間の流れが地上の「1万倍」加速している特殊な次元だった。 凶悪な魔獣に囲まれ、絶望の中で死にかけていたアルスは、ダンジョン最底辺で古代の魔導書と出会う。 「生き残る」――ただそれだけの執念で、アルスは100万年（地上時間で100年）の果てしない時間を修行に捧げた。 雑用魔法を分子レベル・概念レベルまで磨き上げ、神にも等しい力を手に入れたアルスは、ついにダンジョンの最下層を完全攻略して地上へと帰還する。 しかし、地上では100年が経過していた。アルスを追放したかつての貴族や聖騎士団は衰退し、今や復活した魔王軍によって人類滅亡の危機に瀕していた。 世界最強となったアルスは、かつて自分を捨てた世界を前に、圧倒的な力で立ち塞がる敵を文字通り「掃除（クリーン）」していく――！