2045年、日本。札幌、仙台、甲府、奈良、福岡へ分散された国家機能を狙い、正体不明の敵が重要インフラを同時に探り始める。事件を起こす前に危機を察知し、表に出ることなく日本を守る秘密組織「八洲」は、候補生・神崎蓮らを中心に調査を開始する。だが敵の目的は破壊ではなく、日本の防御能力と八洲の行動を測ることだった。やがて世界規模の異常と、八洲が秘匿してきた八つの系譜の過去が結びつく。八つの守りに隠された「罪」とは何なのか。そして敵が狙う「第八門」とは――。日本の秩序を揺るがす第三段階が、静かに始まる。