そこそこ頭も良く、運動神経もあり、家族環境も悪くなかった中学三年生の少年、八原桟（やはらえつり）は、退屈していた。 しかし、とある日。 神社仏閣に凝った両親に連れられ、訪れた、とある古びた神社。 突如様子のおかしくなった両親と妹に襲われていたところを、桟は、一人の、白銀の刀を持つ少女に救ってもらう。 ルビーのように赤い瞳。腰まで届く、真っ白な白髪。小柄ながら、女性らしい起伏に富んだ肢体を持つ、桟の家族を殺した、その少女の名前は千神立花（ちがみりつか）。 彼女は桟に言った。 「あなたには二つの選択肢がある。一つ。さっき私に殺された幽霊たち、つまりさっきまであなたの家族だった人たちと同じように、ここで私に殺されること。この選択肢を選ばない場合、あなたが選ぶ選択肢は自動的に二つ目の方になる。 「二つ。私の相棒になること。あなたは、あなたの家族だった者達と違ってまだ人間としての自我がある。つまり半分幽霊、半分人間のような状態。そういう存在も私達専門家――霊殺士が殺す決まりだけど、唯一、私達と同じような専門家になることでその存在を許される。この選択肢を選ばない場合、あなたが選ぶ選択肢は自動的に一つ目の方になる」 人生に退屈していた桟は、迷いなく二つ目を選択。立花の相棒となり、そして、彼女の上司でもある同じく霊殺士の百合黄京子（ゆりききょうこ）の元で、霊殺士となり得た能力、自分の周囲半径５０メートルにいる幽霊の心を視る力を駆使して、幽霊にまつわる事件を解決していくことになる。 その先に、どんな真実が待っているのかも知らぬまま。