【王道SFバトル活劇、ここに開幕！】 故郷の星ファフィルを追われ、孤独な旅を続けていた少年ファフィニョ。彼は宇宙の廃墟の中で、感情と意志を持つ奇跡の機械生命体アクス（AXEL）を目覚めさせる。 しかし、それは全銀河の全生命体を管理・機械化しようと目論む絶対的な敵「帝国ネットワーク」の怒りに触れることを意味していた。自分たちの支配下にない未知の適合能力『共鳴ゲノム（Ω）』を宿すファフィニョを抹殺するため、帝国の冷酷な軍隊が牙を剥く。 レジスタンスの仲間たち、厳格な戦士オラク、そして心優き少女ナイラとの出会いを経て、ファフィニョは人々が逃げ惑う最初の自由の世界「レプ・オルジオン」の首都アウリオンテを守るため、星の剣エーテレオンを手に取る――！ 「失うために生まれてきたんじゃない。僕たちの名前を、自由を取り戻すんだ！」 圧倒的な絶望の闇に抗い、一粒の火花となって宇宙の心臓へ突き進む少年の、魂の銀河解放戦記。