2039年11月、世界各地に正体不明の宇宙船が出現。 出現初期は各国が独自に迎撃するものの、宇宙人の圧倒的な技術力によって主要都市・基地・通信網が次々と失われた。 数ヶ月後、アメリカ軍は大半の基地を喪失し、ロシア軍は西部方面の戦力が壊滅、日本の自衛隊は全国の主要基地が被害を受け、NATO各国軍として機能が困難な大規模な損耗を受けた。その他の軍はほぼ壊滅状態にあった。 そしてこれらの損害を受けた各国政府らは残りの兵士たちをかき集め、GAF（Global Allied Force)という一つの組織にまとめた。 軍服も装備もバラバラ。米軍の装備の隣に自衛隊員がいて、その後ろにヨーロッパやアジア、アフリカなど各国の兵士がいる。共通しているのは、ただ一つ腕に付けられた一枚のワッペン。このワッペンに書かれていたのは「EARTH」だった。 GAFが設立されてからやく三週間後攻めてきた生物をGAFはヴァルグと名付けた。 ヴァルグの技術は人類よりもはるかに上回っているが完全に無敵では無い。 調査の結果、GAFは新たに情報を入手した。それはヴァルグは地球上のある場所の遥か上空に巨大な母船のようなものを発見した。そこをなんとかして破壊することができれば宇宙人たちを弱体化できるかもしれない。この情報を元にGAFはある作戦を考案した。