1859年、開港間もない箱館。若き通詞・榊原宗一郎は、外国船から密かに降ろされたロシア人少女エリーナと出会う。少女が携えていた木箱には、箱館周辺の港湾・航路を記した海図と、謎の暗号記録が収められていた。それは幕府とロシア双方が求める重要な情報だった。父をロシアで亡くした宗一郎と、母から託された使命を背負うエリーナは、海図に隠された父たちの過去を追う。やがて二人は、敵味方を越えて日本とロシアの未来を願った人々の思いを知る。箱館の港に、新しい時代の朝が訪れる。