かつて魔法が栄えていた世界。しかし産業革命による科学文明の急激な発展により魔法は次第に衰退し今や科学が絶対主義の世界と化した。そんな世界の中で列強の一国であるイセリア帝国。この国も例に漏れず科学信仰が絶対的権力を持っていた。その国の軍隊に所属する少女、エリス・ヴィーデナーはある日魔法使いのミネルウァ・ローエンシュタインに出会う。ミネルウァは魔法を研究しこよなく愛する少女であった。科学を絶対視する軍人のエリスと魔法を愛するミネルウァの正反対な2人の出会いは、決して交わることのなかった魔法と科学を紡ぎ合わせていく。