西暦2100年、日本の中心都市、電脳区AA-BOでは、中高生を中心にたくさんの不気味な噂が広まっていた。主人公であり普通の女子高校生の、坂井 三琴は怪異など微塵も信じていなかったが、ある日の夜に怪異を目撃してしまう。それから、三琴はある出会いをきっかけに怪異調査事務所に入ることになる。しかし、三琴は、後に電脳区AA-BOを揺るがす大事件に巻き込まれることになるとは知らなかった。