17歳の少年・黒瀬蓮は、家族と穏やかな日々を過ごしていた。 ある夜、蓮が家を離れている間に、家族は謎の怪物――夜魔によって襲われる。 翌朝、蓮が目にしたのは、変わり果てた家族の姿だった。 そして唯一生き残っていた妹・灯もまた、夜魔へと変貌していた。 本来、夜魔となった者は人間だった頃の記憶も感情も失う。 しかし――灯は違った。 「あー……」 言葉こそ話せない。 それでも灯は、兄である蓮のことを覚えていた。 夜魔になった妹を殺すことなど、蓮にはできない。 「絶対に……灯を人間に戻す」 妹を救う方法を探すため、蓮は夜魔を討つ組織黎明隊へ身を投じる。 そこで出会ったのは、九柱最強の剣士・神崎玄真。 そして、自分と共に戦う幼馴染・白雪澪。 やがて蓮は、特殊な鉱石から生み出される武器――晶剣の力に触れる。 だが、蓮の晶核鉱が示した反応は、これまで誰も見たことのないものだった。 妹を人間に戻す鍵は何なのか。 家族を襲った夜魔の正体は誰なのか。 そして、夜魔を支配する謎の存在・天城朔夜とは何者なのか。