ある春の日、授業中の居眠りがバレて罰として図書室の整理を命じられたごく普通の女子高生、桜井あかりは、埃をかぶった一冊の奇妙な本を見つける。何かに導かれるようにその本を開くと、見たこともない文字と、フェニックスの形をした不思議なペンダントを見つける。 「掃除の手数料ってことで、もらっちゃってもいいよね！」 軽〜い気持ちで首にかけた瞬間、彼女の平穏な日常は音を立てて崩れ去る！ 突如現れた謎の組織「ミッドナイト・ミラージュ」。 彼らの放つ生体ナノマシンは、街の自販機や車といった人工物を侵食し、不気味な異形の怪物『機獣』へと変貌させて人々を襲い始めた！ ​絶体絶命の危機に現れた小さな火の鳥・フェニク。 彼はこういう「君は選ばれたんだ。今こそ魔法少女ルビー・フェニックスとなって戦うんだ！」と。 そんな面倒で危ないことなんて嫌だ……！ そう言おうとするもあたしの体を炎が包み、半ば強制的に魔法少女へと変身させられる！ こうなったらやるしかないってこと……？ 奪われた日常と街を守るため、あかりは拳を握りしめる！ ​やがて集う、異なる運命を背負った仲間たち……。 魔法少女たちと、悪の組織ミッドナイト・ミラージュとの戦いがいま始まるっ！